高新技術企業認定專項審計指引是為指導和規范注冊會計師執行高新技術企業認定專項審計業務，明確工作要求，保證執業質量，滿足高新技術企業認定管理工作的需要所制定的指引。

高新技術企業認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業認定的申報企業委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

如果申報企業近三個會計年度的財務報表(含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限)未經會計師事務所審計，應同時委托進行財務報表審計。

此外有以下情況的，都需要進行高新技術企業認定專項審計：

①凡擬向有關部門申請進行高新技術企業認定的企業，均需要進行高新技術企業認定專項審計。

②由于高新技術企業資格自頒發證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內企業應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。

所以凡擬向有關部門申請進行高新技術企業復審的企業，均需要進行高新技術企業認定專項審計。