一般來說，高新技術企業認定審計內容主要包括以下方面:

1、核心自主知識產權問題。《高新技術企業認定管理辦法》規定，高新技術企業需通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產品(服務)在技術上發揮核心支持作用的知識產權的所有權。

2、人員判定問題。《高新技術企業認定管理辦法》規定，企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例不低于10%。

3、參照《國家重點支持的高新技術領域》，判斷企業產品是否存在對應領域。

4、關注高新技術產品(服務)收入和研究開發費用結構明細表，避免錯誤，明確管控程序和審計程度，獲取充分、合理的審計證據。

5、關注本期主要高新技術產品(服務)的毛利率并與上期比較，注意收入與成本是否配比，檢查兩期之間是否存在異常。

6、關注單位時間段高新技術產品(服務)收入的變化情況，分析變化趨勢是否正常,是否涉及重大的關聯方交易，是否符合申報企業的經營規律(如季節性、周期性等)。

7、關注技術性收入中當期開始的，提供勞務、跨期完工的技術承包、技術服務、接受委托科研等合同，檢查是否采用完工百分比法，確認收入。

8、關注高新技術產品(服務)收入的確認方法是否與財務報表所采用的收入確認方法一致，是否符合適用的會計準則和相關會計制度的規定。

9、將各項研發項目的研發費用項目進行結構性分析，判斷合理性，做出相應記錄。

10、關注人員人工的費用核算是否合理，重點檢查和關注整個人工費用結算的憑證和佐證資料。

11、關注企業現金流量表、研發費用明細表中的人員推算的平均人員工資是否存在異常。

12、對于直接投入應重點關注研發支出、管理費用、原材料明細賬、原材料購入、領料、結存明細表、研發項目分配表等，確認結轉研發費用合理性、金額的準確性。

13、關注折舊費用與長期待攤費用攤銷項目，屬于研發項目和非研發項目共用的資產，應檢查折舊或攤銷的分配方法是否合理。

14、關注設計費用的付款申請審批單據，確認其費用發生的真實性、金額的準確性。

15、關注無形資產的真實性及攤銷金額的準確性。

16、關注委托外部研究開發投入項目，檢查研發項目中委托外部研究開發的投入額是否按80%計入研究開發費用總額，若超過80%，申報企業必須做出調整。

17、關注其他費用金額是否不高于研發費用總額的20%。